Tak banyak yang tahu, Pulau Maratua termasuk dalam kawasan ekonomi biru (KEB) dan Kawasan Strategis Nasional tertentu (KSNT). Destinasi wisata meniadi nilai jual utama, namun dibalik itu Maratua menyimpan daya tarik lain berupa perpaduan hutan bakau (mangrove), padang Iamun (seagrass), dan terumbu karang. Dengan adanya tumbuhan bakau dan padang Iamun yang menyebar luas di Pulau Maratua, banyak potensi yang dapat dimanfaatkan, mulai dari jenis ikan, tempat bertelur ikan, pemijahan, pembesaran, dan semuanya terjadi di dalam hutan bakau dan padang lamun. Karena peranannya yang cukup penting sehingga perlu dilakukan perlindungan. Rusaknya salah satu ekosistem akan berpengaruh buruk terhadap ekosistem yang Iain dan secara umum menjadikan perairan tidak stabil.